Mississippi Yanıyor, bütün isimlerin değiştirilmesine rağmen aslında 1964'te Ku Klux Klan'ın üç tane sivil haklar savunucusunu öldürmesiyle ilgili. Bu üç insanın kaybolmasıyla araştırma başlatan FBI, iki ajanı görevlendiriyor: Anderson ve Ward . Anderson, yaşlı ve tecrübeli, Ward da genç ve idealisttir. Olayı çözme yöntemlerinin ve yaklaşımlarının farklı olması, FBI'ın o zamanda içinde nasıl ikileme düştüğünü gösteriyor.